Áp dụng GAP cũng như sản xuất rau an toàn đều nhằm mục tiêu chung là để có những sản phẩm an toàn đối với sức khỏe người tiêu dùng. Để đạt mục tiêu này phải tiến hành nhiều kỹ thuật canh tác, quản lý sản xuất và tổ chức đóng gói, vận chuyển.Tuy cùng mục đích chung nhưng giữa GAP sản xuất rau quả an toàn và IPM nhấn mạnh vào các biện pháp chủ yếu riêng với mức độ yêu cầu khác nhau.
Về các biện pháp chủ yếu. GAP quan tâm nhiều hơn đến khâu tổ chức và quản lý sản xuất an toàn từ đồng ruộng cho đến khi tới tay người tiêu dùng, bao gồm cả việc truy nguyên được nguồn gốc của sản phẩm và nguyên nhân của sự mất an toàn.
Sản xuất rau quả an toàn theo IPM chưa đề cập biện pháp quản lý, truy nguyên nguồn gốc và nguyên nhân. Quản lý dịch hại trên cây trồng bằng một giải pháp đơn độc là không khả thi và mang lại nhiều bất lợi khác. Do vậy IPM chủ yếu áp dụng nhiều biện pháp để quản lý các đối tượng dịch hại, một yếu tố quan trọng để sản xuất rau an toàn.
Tuy về mức độ yêu cầu thực hiện các biện pháp thì với GAP thực hiện chặt chẽ hơn, thể hiện các biểu mẫu ghi chép về một hệ thống kiểm soát được qui định cụ thể đến từng khâu. Với sản xuất rau quả an toàn thì các điều kiện sản xuất như đất đai nguồn nước, cơ sở đóng gói và mức độ ô nhiễm sản phẩm cũng phải kiểm tra xác nhận nhưng chưa chặt chẽ để có thể truy tìm được nguồn gốc sản phẩm và nguyên nhân cụ thể gây ra ô nhiễm như với GAP.Với IPM chủ yếu còn ở mức khuyến cáo, dựa trên sự hiểu biết và tự giác của người sản xuất.
Tóm lại, IPM là cơ sở kỹ thuật của sản xuất rau quả an toàn. Còn GAP thì yêu cầu rau quả an toàn phải có đủ hồ sơ chứng minh và có thể kiểm soát được. Tiêu chuẩn rau quả an toàn và tiêu chuẩn GAP đều dựa vào các tiêu chuẩn vệ sinh an toàn thực phẩm với rau quả do quốc tế hoặc từng Quốc gia đưa ra.
Mối quan hệ giữa IPM, rau quả an toàn và GAP có thể tóm tắt như sau:
IPM + các điều kiện sản xuất ————> rau quả an toàn + hệ thống kiểm soát —————> GAP .
Theo Bộ NN&PTNT
